Zur Erfüllung aller Aufgaben des Brandschutzes, der Technischen Hilfe, der Gefahrstoffbekämpfung, des Rettungsdienstes, des Katastrophenschutzes und des Zivilschutzes ist die Berufsfeuerwehr in verschiedene Sachgebiete gegliedert:
Der Zuständigkeitsbereich der Feuerwehr Flensburg beschränkt sich nach dem Brandschutzgesetz auf das Stadtgebiet Flensburg. Im Rettungsdienst umfasst das Einsatzgebiet aufgrund vertraglicher Vereinbarungen auch einen Teil des Kreises Schleswig-Flensburg (zusammen 120.000 Einwohner).
Die Berufsfeuerwehr rückt von der zentralen Hauptfeuerwache aus. Die sieben freiwilligen Feuerwehren haben jeweils ihnen zugeordnete Ausrückebereiche.
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